بانک توسعه تعاون با چالش‌هایی در بازگشت تسهیلات روبه‌روست؛ آمار‌های رسمی بانک مرکزی نشان می‌دهد بیش از دو سوم وام‌های پرداختی این بانک به بدهی‌های غیرجاری و مشکوک‌الوصول تبدیل شده و عملاً بازپرداخت آنها در هاله‌ای از ابهام قرار دارد.